Ось слушна думка
Р. Зорівчак:
Завідувач лабораторії, завідуючий лабораторією.
Обидві форми в обігу в сучасній українській мові, але перевагу слід надавати першій формі як суто українській, іменник із суфіксом -ач, що позначає професію, заняття чи посаду, керує іменником у родовому відмінку.
Форма "завідуючий лабораторією" - повна калька російської дієприкметникової конструкції "заведующий лабораторией" тощо. Українські письменники широко вживають першу форму, пор.: "Останні десять років Кость Григорович працював завідувачем міського пункту швидкої медичної допомоги" (О. Гончар); "З'явився Марко Бовкун, завідувач лабораторії міської лікарні" (В. Собко).
Олександр Пономарів:
Способом заміни російських активних дієприкметників є використання іменників: поступающий – вступник, работающий – працівник, играющий – гравець, проживающий – мешканець, нападающий – нападник; замість відпочиваючий — відпочивальник, завідуючий — завідувач, командуючий — командувач (які потребують після себе додатків у родовому, а не орудному відмінку).